मधेसी आयोगले एक सय ४९ वटा जात र मुस्लिम–थारूलाई मधेसीको रूपमा परिभाषित गर्न सिफारिस गरेको छ। आयोगले राष्ट्रपतिसमक्ष पेस गरेको चौथो वार्षिक प्रतिवेदनमा उक्त विषय सिफारिस गरेको हो।
प्रतिवेदनमा आयोगले चुरे संरक्षण गरी पानीको स्रोत जोगाउनुपर्ने, स्थानीय पाठ्यक्रममा स्थानीय भाषाको प्रयोग हुनुपर्ने, मधेसी समुदायको आस्थाको केन्द्र रहेको हिन्दू संस्कृतिमाथिको अतिक्रमण रोक्नुपर्ने, हुलाकी राजमार्गको पूर्णता, मधेस प्रदेशका आठ जिल्लालाई सुक्खा क्षेत्र घोषणा गरी किसानलाई राहत दिनुपर्नेलगायतका सिफारिस गरेको छ।
आयोगले नेपाल–भारत सीमामा देखापरेको आर्थिक तथा सामाजिक समस्याको यथाशीघ्र निवारण, मिथिला पेन्टिङको अन्तर्राष्ट्रियकरणलगायतका अन्य विषयसमेत सिफारिस गरेको छ।