प्रतिरक्षा प्रणाली शरीरको महत्वपूर्ण भाग हो, जसले अन्य भाइरस, ब्याक्टेरिया वा जीवाणुलाई शरीरमा प्रवेश गर्न रोक्नुका साथै भाइरससँग लड्ने काम गर्छ । प्रतिरक्षा प्रणालीभित्र पनि विभिन्न भाग हुन्छन्, जसमध्ये पहिलो तहमा रहेका प्रतिरक्षाका कोषहरूले भाइरसको आक्रमणबारे सचेत राख्छन् ।

जसले गर्दा शरीरमा भएको प्रतिरक्षा प्रणाली सक्रिय हुने हुँदा संक्रमण हुनबाट जोगाइरहेको हुन्छ । शरीरमा रहेको एडप्टिभ प्रतिरक्षा प्रणालीले शरीरमा महत्वपूर्ण भूमिका खेलिरहेको हुन्छ, जुन खासगरी खोपहरूमा प्रयोगमा ल्याइन्छ । जसमा दुई किसिमका सेता रक्तकोष समावेश गरिन्छन्, जसलाई लिम्फोसाइट्स भनिन्छ । यस्तै, बी नामक कोषहरूले एन्टिबडी प्रोटिन उत्पादन गर्दछन्, जुन भाइरसमा टाँसिने हँुदा कोषभित्र प्रवेश गर्न सक्दैनन् । 

यस्तै, टी सेलहरूले भाइरस संक्रमित कोषहरूलाई नष्ट गर्छन् र प्रोटिन बनाउँछन्, जसलाई साइटोकिन्स भनिन्छ । यी साइटोकिन्सले बी कोषहरूलाई दीर्घकालीन कोषहरूमा परिवर्तन गर्न सहयोग गर्छन्, जसले शरीरमा भाइरसविरुद्ध एन्टिबडी निर्माण गर्छन् । सामान्यतः शरीरमा रहेका मेमोरी बी कोषहरूले शरीरमा तीव्र रूपमा एन्टिबडी उत्पादन गर्ने भएकाले संक्रमणविरुद्ध लड्न महत्वपूर्ण मानिन्छन् ।

भाइरोलोजस्टिहरूका अनुसार शरीरमा भाइरसविरुद्ध लड्न बी सेल, टी सेल र यसको उत्पादन, एन्टिबडीहरूले मिलेर काम गर्ने गर्छन् । तर, विभिन्न अध्ययनका अनुसार कोभिड संक्रमण भएका अधिकांश व्यक्तिमा बी सेल र एन्टिबडी मात्र भेटिएको र कतिपयमा एउटा मात्र भेटिएको पाइएको छ ।

यसको कारण भन्ने पत्ता लागेको छैन । र, शरीरमा रहेका प्रतिरोधी प्रतिक्रियाहरूले कोभिड संक्रमणविरुद्ध सक्रिय नरहेको पाइएको छ । पछिल्लो एक अध्ययनअनुसार लामो समयसम्म कोभिड संक्रमणका कारण बिरामी परेका व्यक्तिमा एन्टिबडीले थोरै प्रतिशतमा मात्र प्रतिक्रिया देखाएको पाइएको छ । यस्ता बिरामीमा सामान्यतः लामो समयसम्म लक्षण देखिएका छन् । 

संक्रमण निको भइसकेपछि एन्टिबडीको स्तर पनि घट्दै जान्छ । तर, बी र टी सेलहरू भने शरीरमा रहिरहन्छन् । कोभिडको एन्टिबडीबारे गत जुलाईमा गरिएको एक अध्ययनअनुसार, केही व्यक्तिमा बाहेक तीन महिनाको अन्तरालमा एन्टिबडीको स्तर झरिसकेको हुन्छ । यो स्तर महिला र पुरुषमा फरक हुन सक्ने अध्ययनले देखाएको छ । उत्पादित एन्टिबडीको स्तर र योसँगै रहिरहने अन्य सेलहरूको समय अवधि रोगको गम्भीरतामा पनि निर्भर रहन्छ । यस्तै अन्य अध्ययनका अनुसार पनि शरीरमा टी सेल कम्तीमा पाँच महिना र बी सेल योभन्दा पनि बढी समय शरीरमा रहन सक्छन् ।

भ्याक्सिन 
एफडिएले इर्मेजेन्सी प्रयोगका लागि मान्यता दिएका मोर्डना, फाइजर र एस्ट्राजेनेकाका भ्याक्सिनले कोभिड संक्रमणविरुद्ध शरीरमा एन्टिबडी उत्पादन गरेको पाइएको छ । तर, मौसमी फ्लुजस्तै मौसमअनुसार भाइरस म्युटेसन भएर प्रत्येक मौसममा भ्याक्सिन परिवर्तन गर्नुपर्ने बाध्यता भएमा कोभिड भ्याक्सिनले सक्रिय रूपमा काम नगर्न पनि सक्छ । जस्तै, कोभिड भाइरस म्युटेट भएर नयाँ रूपमा बेलायतमा देखिएको भाइरसविरुद्ध सबै भ्याक्सिन प्रभावकारी नदेखिन सक्छन् ।